शिलांग कार्यालय की स्थापना 24 अगस्त, 2012 क़ो उप-कार्यालय क़े तौर पर कीं गयी थी और 01 जुलाई, 2017 से शिलांग कार्यालय एक स्वतंत्र एकाउंटिंग इकाई के रूप में कार्य कर रहा है। वर्तमान में यह कार्यालय धानखेती, शिलांग-जोवाई रोड, शिलांग पर लीज़ पर ली गई एक भवन में स्थित है। वर्तमान में शिलांग कार्यालय में निम्नलिखित विभाग कार्यरत है जैसे वित्‍तीय समावेशन और विकास विभाग, मानव संसाधन प्रबंधन विभाग, राजभाषा कक्ष, संपदा विभाग, सरकारी बैंकिंग अनुभाग, समाधान कक्ष, सूचना प्रौद्योगिकी कक्ष, उपभोक्‍ता शिक्षण और संरक्षण कक्ष, बाज़ार आसूचना इकाई और शिष्‍टाचार एवं सुरक्षा कक्ष। शिलांग कार्यालय का  वर्तमान में होटल पोलो टावर्स के साथ वी.ओ.एफ. / हॉलिडे होम के लिए समझौता है।

कार्यक्षेत्र

शिलांग कार्यालय के क्षेत्राधिकार में संपूर्ण मेघालय राज्य आता है जिसमें तीन पहाड़ी क्षेत्र हैं – जयंतिया हिल्स, खासी हिल्स और गारो हिल्स्।